Iki šiol buvo manoma, kad Veprių centre ant kalvos stovėjo dvaro rūmai, tačiau 2025 m., Veprių visuomenininko, skulptoriaus Viktoro Žentelio ir Ukmergės rajono savivaldybės iniciatyva pradėti archeologiniai tyrimai atskleidė, kad čia būta rezidencinės pilies.
2025 m., iki šiol vadinamos Veprių dvarvietės vietoje, atlikti neinvaziniai žvalgymai georadaru. Šie tyrimai atskleidė, kad Veprių dvaro rūmų pastatas buvo su dviem gynybiniais bokštais. 2026 m. tęsiant tyrimus atidenginėjamas šiaurinis bokštas. Nors tyrimai dar nebaigti, duomenys leidžia teigti, jog pirminiai rūmai buvo stačiakampio plano, o bokštai pristatyti vėliau. Labiausiai tikėtina, kad rekonstrukcija renesansiniu stiliumi atlikta dvaro valdymą perėmus Šemetų giminei. Būtent tuo metu Lietuvoje iškilo ir kitos žinomos rezidencinės pilys: Siesikų, Norviliškių, Raudonės, Raudondvario ir Panemunės.
Pirmasis aiškus Veprių dvaro paminėjimas datuojamas 1542 m., kai valdos priklausė Kęsgailoms. XVI a. II. p. vedybų keliu dvarą perėmė Šemetos ir perstatė jį į rezidencinę pilį. Kurią paveldi Onos Kęsgailaitės Stanislovienės Šemetienės ir Stanislovo Šemetos sūnus Merkelis Stanislovaitis Šemeta (1524-1570). Po pastarojo mirties 1570 m. pilis dar bent kelis kartus paveldima Šemetų giminės kol Vilkmergės ir Vilniaus pakamaris Merkelis Merkelaitis Šemeta veda Barborą Oginskaitę. Oginskių giminė rezidencinę pilį valdė neilgai. Nėra tiksliai žinoma kokiomis aplinkybėmis, tikėtina vedybiniu keliu pilis pereina Tyzenhauzų giminei. XVIII a. vid. Veprių savininkas buvo Benediktas Tyzenhauzas, Vilkmergės teismo seniūnas, kuris paveldėjo jau suniokotą pilį. Labiausiai tikėtina, kad Veprių rezidencinė pilis stipriai nukentėjo XVIII a. pr. – Šiaurės karo metu kuomet nuniokotos ir aplinkinės vietovės. 1836 m. Veprių dvaro inventoriuje jau aprašomi naujai pastatyti dvaro rūmai išsidėstę Veprių ežero Š-ŠV dalyje.
2025 m. verifikuojant georadaro anomalijas, atidengti masyvūs pamatai mūryti iš akmenų ir raudonų molio plytų rišant kokybišku kalkiniu skiediniu, jų storis 1,4-2,1 m, įgilinti iki 3,2 m. Vidinėje korpuso pusėje aptiktas rūsys ir į jį vedantys laiptai. Likviduojant pilį, į šį rūsį suverstos griuvenos: kokliai, čerpės ir plytos. Pietinio bokšto vietoje aptiktos raudono molio figūrinėmis plytelėmis dengtos grindys. Tyrimai tik pradedami, tačiau neabejotinai pateiks daugiau duomenų apie dvaro rūmų virsmą rezidencine pilimi ir jos rekonstrukcijų etapus.
Kasinėjimu metu surinkta moksliniam pažinimui vertingos XVI a. pab. – XVIII a. pr. medžiagos. Tai daugiausiai trims krosnims priskiriami kokliai, dalis jų su heraldine simbolika – Buivolu – Tyzenhauzų giminės herbu. Taip pat buitinė keramika, langų stiklo fragmentai, metalinės detalės.
Šiaurinio bokšto tyrimai jau šiandien leidžia kalbėti apie architektūrines detales – bokšto pamatai yra šešiakampio plano, būdingi ankstyvam viduramžių laikotarpiui, nors statyti renesansiniu stiliumi. Bokšto sienos buvo tinkuotos ir puoštos karnizais, o vakarinės sienos fragmentuose rastas strėlgalis leidžia manyti, kad dvaro rūmai perstatyti į pilį ir pritaikyti gynybiniams tikslams ne be priežasties.
Vepriuose aptikta XVI a. II p. datuojama rezidencinė pilis yra retas ir išskirtinis atvejis Lietuvos archeologijoje.
